Kuten Australiassa, Malesian GP:n loppu tarjosi draamaa enemmän kuin laki sallii. Aivan yllättäen johdossa ollut Fernando Alonso oli jo jäämässä vähintäänkin yhtä yllättävän kakkosen, supernopeasti ajaneen Sauber-kuski Sergio Perezin jälkeen, mutta Perez ajoi pahasti ulos vain muutama kierros ennen loppua ollessaan enää sekunnin verran Alonson perässä. Perez menetti tilanteessa useita sekunteja.

Alonso voitti saamallaan edulla kisan ja Perez ajoi toiseksi. Lewis Hamilton otti kolmannen sijan ja Mark Webber ajoi neljänneksi. Kimi Räikkönen oli viides.

Sebastian Vettelin kisa meni pilalle rengasrikon ansiosta 48. kierroksella. Vettel osui Narain Karthikeyanin autoon ohitustilanteessa. Saksalainen jatkoi vielä muutaman kierroksen, mutta tallikäskyllä keskeytti viimeisellä kierroksella. Haittaa tästä ei aiheutunut, sillä Vettel ei ollut tässä vaiheessa enää pisteillä.

Räikkönen nousi Vettelin vahingon ansiosta viidenneksi. Mikä hienompaa, Lotus-kuski ajoi uransa 36. kisan nopeimman kierroksen. Heikki Kovalainen oli 18., edessään tallikaveri Vitali Petrov sijalla 16.

Pastor Maldonado jatkoi siitä mihin Australiassa jäi ja keskeytti aivan kisan loppussa – viimeisen kierroksen sijasta tällä kertaa toiseksi viimeisellä.